Als Darmflora wird die Gesamtheit der Bakterien bezeichnet, die den Darm von Tieren besiedeln. Da der Begriff vor allem in der Medizin benutzt wird, wird er meistens auf die Darmflora des Menschen eingeschränkt.
Der Darm des Menschen wird von 100 bis 400 verschiedenen Bakterienarten besiedelt. Von diesen Organismen leben 99% nur unter vollständigem Sauerstoffabschluss, sie sind also streng anaerob. Die bekanntesten Darmbakterien, unter ihnen die Enterobakterien und Enterokokken, finden sich unter den 1% der fakultativ aeroben Arten. Das bekannteste Bakterium der Darmflora ist Escherichia coli.
Die meisten Darmbakterien sind lebensnotwendig oder zumindest vollkommen harmlos, nur einige können unter besonderen Umständen Krankheiten auslösen.
Im Darm finden sich große Mengen an Bakterien, weitaus mehr, als der ganze Organismus des Menschen Körperzellen enthält. Einen wesentlichen Anteil hat die Darmflora bei der Verdauung von Bestandteilen, die für den Menschen unverdaulich sind, zum Beispiel den Kohlenhydraten aus holzigen Anteilen der Nahrung wie Blattspreiten, oder bei Knorpel-bestandteilen von tierischen Lebensmitteln. Der menschliche Stuhlgang besteht zu einem großen Teil aus Darmbakterien.
Der Mensch benötigt die Darmflora für die Synthese von Substanzen, die er selbst nicht oder nur ungenügend produzieren kann. Am bekanntesten ist das für die Blutgerinnung norwendige Vitamin K. Bei kleinen gestillten Säuglingen kann die besondere Muttermilch-Darmflora in sehr seltenen Fällen dieses Vitamin K nicht produzieren, deshalb erhalten kleine Säuglinge dieses Vitamin heute extern zugeführt.
Wesentlich ist die Darmflora auch für die weitere Verdauung der Gallen-Farbstoffe, wie vieler anderer Substanzen. Der gelbe Farbstoff der Galle wird durch die Darmflorabakterien über eine grüne Zwischenstufe zu dem braunen Farbstoff umgebaut, der dem Stuhl seine Farbe verleiht.